Ce qui se passe, c’est simple, les paquets téléchargés sont gardé dans le cache de apt, pour être en cas de réinstallation des paquets, être installé plus rapidement et au passage, économiser de la bande passante aux dépôts, a condition de ne pas avoir une version plus récente dans les dépôts ; ou simplement revenir a une version plus vieille, utile sous sid. Cette base peut devenir vraiment très grosse sur une sid… Sous debian, il y a deux layouts de cache, le cache des paquets viables, encore présent dans les dépôts (même version) et celui des paquets obsolètes qui sont dans une version plus récente dans les dépôts notamment les paquets qui ont eu des mises a jour. Sur ma stable j’avais 4.6go de cache, 2.4go de cache des versions obsolètes et 2.2go de paquets pressent dans la même version dans les dépôts

Ce qui suit vient de la documentation de debian-facile.

Nettoyer le cache

Les paquets téléchargés avant installation sont stockés dans /var/cache/apt/archives. Ils y restent ad vitam aeternam. Ce dossier peut donc rapidement devenir encombrant et faire plusieurs Giga-octets. Utilisez la commande du dans un terminal en simple utilisateur ainsi :
$ du -h /var/cache/apt/archives

Ce qui donne chez moi :

$ du -h /var/cache/apt/archives
2,4K   /var/cache/apt/archives/partial
2,2G   /var/cache/apt/archives

Donc 4.6go pour une debian stable installé fraîchement en Avril 2016 dans sa version 8.4,ça fait beaucoup, imaginez un peu sous sid…

Faire un petit nettoyage

La commande ci-dessous, a faire en root, va supprimer uniquement les paquets dont le numéro de version est obsolète par rapport à ceux des miroirs (les vieux trucs quoi)
# apt-get autoclean

Faire le ménage de printemps

clean
La suivante videra entièrement le contenu du cache.
# apt-get clean

—purge autoremove
Et depuis lenny, il s’est ajouté l’option —purge autoremove qui supprime les paquets installés automatiquement mais devenus inutiles :
#  apt-get –purge autoremove